Lo primero es tener instalado los paquetes VirtualBox y Qemu
Me basare en la instalacion con Linux
En ArchLinux:
pacman -S virtualbox-ose qemu
Para instalar la version binaria de VirtualBox lo pueden conseguir en la sección AUR
En Fedora/CentOS/RedHat
su -c 'yum install qemu'
Para VirtualBox seguir los pasos en este post
Ahora procederemos a pasar la imagen .vdi al formato RAW .img con la herramienta VboxManage clonehd
VboxManage clonehd "/path/completo/de/la/imagen/a/copiar.vdi" "/path/completo/al/formato/nuevo/raw.img" --format RAW
Ahora la conversion a .qcow con la herramienta qemu-img:
qemu-img convert -f raw raw-imagen.img -O qcow2 qemu-imagen.qcow
y voilá, ya tenemos nuestro disco duro listo para usar con qemu